Lecture 11. PE MP Read 계산 문제2. Genome assembly 과정 문제 🧬 Genome Assembly 과정 요약 (3단계)Reads 생성👉 DNA 조각들(Reads)을 시퀀싱으로 얻음Contigs 생성👉 겹치는 부분을 이어붙여 contig(연속 서열) 형성Scaffolds 생성👉 페어엔드 리드 등 거리 정보를 이용해 여러 contig을 이어붙여 scaffold 완성Lecture 2계통 모델 alignment 계산 문제Naive sequence Alignment 과정 문제Lecture 3DP 알고리즘 계산 문제DP 알고리즘에서 두 case 만 사용해야 하는 이유 ..

시험 유형Practice P 안 나오고 Priactice A, Lecture 만 나옴중간고사 대비강의자료 다시 읽기문제들 다시 풀어보기

Ref :의생명정보알고리즘 강의 / 첨단바이오공학부 김재범 교수님🔁 전체 구현 흐름 요약 (화이트보드 기반 순서)단계 설명1️⃣sys 모듈로 프로그램 인자 받기2️⃣점수 (int), 서열 (str)로 데이터 구조 정의3️⃣for 루프 사용해 각 문자를 비교4️⃣점수 규칙에 따라 누적5️⃣최종 점수 출력 (print(ascore)) 💻 Pairwise Alignment 점수 계산 프로그램 실습 총정리 🧬🗂️ 1. 작업 폴더 생성 및 이동cd ~ # 홈 디렉토리로 이동mkdir PA2025 # 실습용 폴더 생성cd PA2025 # 해당 폴더로 이동📝 2. Python 파일 작성 – parg.py▶ 코드 작성vi parg.py ..

Reference :- 건국대학교 의생명정보알고리즘 강의 / 첨단바이오공학부 김재범 교수님[2주차]🔬 1. 게놈 어셈블리 개요게놈 어셈블리는 짧은 DNA 서열(Reads)을 조합하여 전체 게놈을 복원하는 과정.3단계의 과정으로 진행됨:리드 → 컨티그 (Reads → Contigs)컨티그 → 스캐폴드 (Contigs → Scaffolds)스캐폴드 → 크로모좀 (Scaffolds → Chromosomes)📌 1단계: 리드 → 컨티그목표: 짧은 리드를 겹치는 부분(오버랩)을 이용해 긴 시퀀스(Contig)를 만드는 과정리드(Reads): DNA 시퀀싱의 결과물로 나온 짧은 서열 조각.오버랩(Overlap) 이용: 리드 간 겹치는 부분을 찾아 연결하여 긴 연속 서열(Contig) 생성.싱글 엔드 리드(Sin..

사전 지식분자생물학리눅스파이썬중간, 기말 안 보면 F Study Group 3,4 = 랜덤 과제 조 편성 김재범 교수님 커리큘럼 = AI기반의생명정보분석 마이크로디그리 취득2-2 의생명정보프로그래밍3-1 의생명정보알고리즘3-2 의생명정보머신러닝 (신설)4-1 의생명정보분석 생물정보학 = 맥북 good (왜냐하면 자체에 설치하는 프로그램보다 웹상에서 진행될 것이기 때문)참고할만한 추천 책 No오픈북? 생각해봄시험에서 코드를 직접 짜지는 않음